Naruto est le héros de la série. Son rêve est de devenir le plus puissant de tous les hokages. Au fur et à mesure des aventures il va développer ses capacités et son démon scellé apparaitra de plus en souvent, et surout lorsque son hote est en danger. Dans les Shippûden, Naruto utilisera la force de Kyuubi au niveau quatre queues qui le transformera en mini-kyuubi

Sasuke est en même temps le rival de Naruto mais aussi son meilleur ami. Son but dans la vie est de se venger de son frère qui a tué tout son clan. Il est d'un caractère très prétentieux mais aussi solitaire. Sa force surpasse celle de Naruto au départ mais plus l'histoire avance plus Naruto tente de se rapprocher de lui. Dans les Shippûden, Sasuke aura oublié son véritable ami et sera aux côtés d'Orochimaru (pour une courte période). Les années passent mais son but, lui, n'a toujours pas changé.

Sakura est l'élève la plus brillante de l'académie de ninjas de konoha. Elle connait toutes les bases d'un bon ninja dans la théorie mais dans la pratique c'est autre chose car elle manque d'entraînement. Cependant, tout le long du manga, c'est un des persos qui évoluera le plus. Elle est amoureuse de Sasuke et ne rêve que d'être avec lui et qu'il l'embrasse. Dans les Shippûden, elle aura suivit un long apprentissage avec Tsunade et deviendra plus ou moins comme elle : Une excellente kunoichi-medecin avec une force de titan.

Jiraiya est l'un des trois Sannin de Konoha avec Orochimaru et Tsunade. Il a décidé, après la guerre de Konoha (12 ans auparavant) de ne plus se mêler des affaires des autres et de devenir ermite. Il se fait appeler « l'ermite aux grenouilles » (ou « l'ermite aux crapauds » dans la version française de l'anime) car il possède le parchemin permettant d'invoquer des grenouilles. Surnommé par Naruto « l'ermite pervers » (ou « l'ermite pas net » dans la version française de l'anime), en raison de son fort penchant pour les femmes, il est malgré tout un ninja très puissant. Jiraiya est un spécialiste dans le maniement des sceaux tout comme les autres Sannin et le Sandaime. Jiraiya est également celui qui a entraîné le 4e Hokage ainsi que Ibiki .Il entraînera par la suite Naruto. Il a été entrainé par le 3e Hokage avec Tsunade et Orochimaru. Jiraiya est aussi l'auteur du livre que Kakashi tient toujours près de lui.

Tsunade fait partie des trois Sannin, Ninjas légendaires de Konoha. Elle en est la seule représentante féminine. Sa spécialité est le jutsu médical, art dont elle a atteint la quintessence en développant un jutsu lui permettant de rester [en apparence] jeune, et une autre technique lui permettant de reconstituer une partie de son corps en libérant une importante quantité de chakra contenue dans le sceau qu'elle porte sur le front. Elle devient, après la mort du Sandaime Sarutobi, le 5ème Hokage de Konoha. Elle prendra Sakura Haruno comme élève. Son point fort est une de ses techniques où elle concentre tout son chakra dans un point de son corps et le relache brusquement sur sa cible. Mais sa grande faiblesse est sa peur phobique du sang, causée par la mort de l'homme qu'elle aimait. Celui-ci s'était fait arracher les reins et Tsunade tenta tant bien que mal de le sauver, mais le jutsu médical ne peut remplacer les organes.

Dans le manga, Orochimaru apparaît dès l'examen Chuunin mettant en jeu tous les aspirants ninjas (Genins) de tous les villages. Il est l'un des trois ninjas légendaires (Sannins) du village de Konoha, avec Jiraiya et Tsunade. Il a déserté le village après la nomination du 4e Hokage, et en veut au 3e Hokage au point de tenter de le tuer pour ne pas l'avoir nommé à la place. Il a entraîné Anko Mitarashi, la responsable de la seconde épreuve de l'examen ninja. Il faisait autrefois partie de l'organisation secrète Akatsuki, une organisation clandestine de très puissants ninjas ayant trahi leur pays respectif, comme Kisame Hoshigaki ou l'extrêmement puissant Itachi Uchiwa. C'est parce que ce dernier est plus fort que lui qu'Orochimaru a quitté Akatsuki. Orochimaru utilise certaines techniques interdites mais la plupart de ses attaques sont des attaques comportant des serpents. Un détail particulier, Orochimaru ressemble beaucoup à un serpent et possède les mêmes capacités (se mouvoir,changer de peau,etc...)

Tobi intrigue immédiatement par son design. Son visage est totalement recouvert par un masque étrange avec un motif spiralé, qui ne possède qu'un seul orifice au niveau de l'œil droit. Il semble avoir une personnalité étrange. On sait peut de choses sur ce mystérieux membre de l'Akatsuki, qui a pris la place de Sasori,et qui a rejoins l'Akatsuki par le biais de Zetsu, mais il court des rumeurs selon laquelle Tobi ne serait autre que Obito Uchiwa, le camarade de Kakashi. Cette rumeur sera brisée par la révélation de son identité lors d'une discussion entre Konan et Pein, où il dira être UCHIHA Madara, le fondateur de Konoha avec le shodaime, le premier possesseur du Mangekyo Sharingan et surtout, l'unique possesseur du Mangekyo Sharingan éternel.

Il est originaire d' Ame , village caché du Pays de la Pluie . Il possède une grande connaissance du monde des ninjas, et fait montre d'idées bien arrêtées en matiere de politique, d'économie et d'histoire. Durant son enfance, Pein (qui s'appelait à l'époque Nagato (??)) avait de long cheveux noirs dont les mèches couvraient les yeux. Tout comme Yahiko et Konan, il est devenu orphelin au cours d'une guerre que faisait le pays de la Pluie, et tous les trois durent vivre seuls. Ils ont rencontré Jiraya qui était en mission à Ame et celui-ci est resté avec eux pour leur apprendre le ninjutsu. Peu après cette rencontre, Yahiko fut attaqué par un ninja d' Iwa , et c'est en allant le défendre que Pein éveilla son Rinnegan , le plus puissant des dôjutsu (le seul à l'avoir possédé jusque là était le précurseur de tout shinobis, le Sage des 6 chemins, créateur du monde ninja. Il ne cesse de développer le rinnegan pendant les 3 années où Jiraya les entraîne lui et ses amis, puis après le départ de celui-ci, ils se débrouillèrent seuls, faisait de temps à autre parler d'eux et des rumeurs couraient comme quoi ils étaient morts. Pein a le respect de tous les membres de l'Akatsuki à l'exception singulière de Hidan . Selon les aveux de Konan qui travaille avec lui il n'a jamais connu la défaite. A l'exception de celle-ci de Tobi & de Zetsu, aucun des membres de l'organisation ne l'a réellement vu. Au Pays de la Pluie, Pein est considéré comme un dieu par ses alliés, il semble cependant que personne là-bas n'aie jamais vu son visage. Il est dit qu'il possède le sang du clan Fûma . Il est également l'assassin du très puissant Hanzou , l'ancien chef d'Ame, qui rivalisait contre les trois sannin . Il est extrêmement puissant, faisant tomber Ame à lui tout seul. Il semble également doté d'une grande cruauté, faisant assassiner tout l'entourage de Hanzou (bébés compris) et même ses clients. Pein tue également ceux qui menacent ses idéaux. C'est donc un homme à la fois très puissant et très cruel à l'opposé de son caractère lorsqu'il était enfant. Il rencontre à nouveau Jiraya dans le chapitre 373, mais cette fois pour l'affronter en tant qu'adversaire. Ce combat se terminera par la mort de Jiraya après que ce dernier découvrit la véritable identité de Pein. Il nous dévoile son véritable objectif : créer un ultime kinjutsu avec les bijuus, capable de détruire un pays d'un seul coup (sur le principe d'une arme de destruction massive ). Selon lui, l'unique moyen pour supprimer les conflits dans le monde est que ses habitants passent d'abord par un état de terreur et de souffrance, ce qui leur apprendrait ensuite à se contrôler et à faire évoluer leur mentalité. Seule cette souffrance peut amener le monde à grandir.

Elle fait équipe avec Pein qui est également le leader de l'organisation, et ils sont les seuls membres de l'organisation à 'être connu avant Akatsuki. Ils étaient amis d'enfance. Konan est surnommée par les ninjas d'Ame "L'ange de Dieu". Elle perd ses parents durant sont enfance, tués dans une guerre que mène le pays de la Pluie, et a vécu en compagnie de deux autres orphelins du nom de Yahiko et Nagato (qui par la suite prendra le nom de Pein). Tout les trois ont rencontré Jiraya (venu se battre contre les ninjas d'Ame avec Tsunade et Orochimaru), qui a accepté de vivre un moment avec eux pour leur enseigner des ninjustsus afin qu'ils puissent se débrouiller seuls. Elle est très douée pour le pliage de papier (origami)et offre une rose en papier à Jiraya en guise de remerciement. Elle à fait de sa "passion" un style de combat. Des années plus tard, elle le revoit de nouveau, mais cette fois pour l'affronter en tant qu'adversaire. De ce qui semble avoir été vu, Konan semble être capable de se dématerialiser et se rematérialiser en des sorte de bouts de papiers (Peut-être des pétales de rose, rapport à l'ornement qu'elle porte dans ses cheveux), et se décompose en papillons de feuilles(Une forme parmi tant d'autres, semble t-il) son don semble etre inspiré de l'art japonais du pliage de papier ( Origami ). Elle utilise également cette faculté précise pour l'espionnage. Les utilisations à l'offensive servent à entraver voir tuer l'ennemi en l'entourant de papier, creer des lames de papier, une lance de papier... Elle s'en sert aussi comme ailes.

C'est un ninja extrêmement doué (dès son plus jeune âge, il parvint rapidement à maîtriser le sharingan) et devint la fierté de son père. Les habitants de Konoha reconnaissent sa formidable (et précoce) avancée dans la hiérarchie ninja du village. Il devint genin à 7 ans, chuunin à 10 et Chef des ANBU à 13 ans. Par hasard, il découvre que son sharingan peut évoluer en mangekyou sharingan (un sharingan beaucoup plus puissant) à la seule conditon de tuer son meilleur ami (ce qu'il fit). Ainsi possesseur de ce dôjutsu ultime, il voulut tester ses capacités et tua tout le clan Uchiwa, sauf son petit frère Sasuke. Il rejoindra ensuite l'Akatsuki (organisation criminelle de puissants ninjas). Pour le compte de cette organisation, il recherche Naruto pour lui prendre Kyûbi, le démon-renard à neuf queues scellé dans son corps. Dans l'organisation, Itachi est le n°3, devant Sasori et Orochimaru. Il semble avoir un but précis, peut-être la raison pour laquelle il a épargné son frère, et qui reste mystérieux. Cette supposition sera prouvé lorsque celui-ci avouera à sasuke l'unique but dans lequel il l'a gardé en vie : Avoir le Mangekyo sharingan éternel

Akasuna no Sasori, (litt. le scorpion des sables rouges), a déserté le village de Suna, il y a vingt ans, pour rejoindre Akatsuki, au sein de laquelle il fait équipe avec Deidara (qui a remplacé Orochimaru après la désertion de ce dernier), il est le petit-fils de Chiyo-Baa, l'aïeule de Suna. Il a l'allure d'un jeune adolescent mais est bien plus vieux en réalité (il approche probablement la cinquantaine). Comme Kankuro, c'est un marionnettiste qui utilise des pantins pour le combat, mais Sasori a élevé son art à un niveau encore inégalé, ce qui fait de lui un adversaire bien plus redoutable (avec ses pantins, il aurait ravagé un pays entier !). Il s'est également débarrassé de son propre corps au profit d'une marionnette, ce qui lui permet de se réfugier dans d'autres pantins en cas de besoin. Le seul vestige du vrai Sasori est son « coeur », qu'il garde dans un reliquaire placé sur sa poitrine. Ce reliquaire peut animer les pantins avec l'âme de Sasori et il peut se déplacer pour se greffer sur les divers pantins.Dans L'organisation, Sasori est le n°4, entre Itachi et Orochimaru.

On ne sait presque rien de Deidara du village d'Iwa. Ce ninja, membre d'Akatsuki fait équipe avec Akasuna no Sasori (ou elle a donc pris la place laissé vacante après le départ d'Orochimaru), et utilise une technique spéciale lors de ses combats. Elle a en effet développé un jutsu unique, qui lui permet de modeler et d'animer une sorte d'argile qu'elle crée à partir d'orifices placé dans ses paumes et dont elle se sert pour se déplacer (en créant, avec l'argile, des oiseaux) ou attaquer grâce à ses vertus explosives. Deidara et Sasori se considèrent tout deux comme des artistes, arts qui s'étend à leur conception du combat. Deidara pense que l'art est voué à une existence rapide mais éclatante, alors que Sasori définit l'art comme un phénomène qui doit se prolonger dans le temps et qui est même, au final, éternel. Ces points de vue sont en rapport bien sur avec leurs styles de combat. Ils se disputent sur ceci car si Deidara reconnait l'avis de Sasori, celle-ci juge grossier lart de son camarade. En fait, Deidara respecte son camarade, car elle se sait le moins fort du duo.

Kakuzu fait partie de l'organisation Akatsuki où il y fait équipe avec Hidan. Il garde perpetuellement son visage caché (à l'exception de ses yeux quand même) et possède un physique très imposant. Il semble être le chef du duo, mais cela l'embète. On apprend par la suite que Kakuzu est obsédé par l'argent et qu'il serait celui qui remplirait les caisses de l'Akatsuki. En fait il agirait comme sorte de trésorier de l'organisation.Il a tué tous ces anciens coéquipiers et c'est pour ça qu'il a pris Hidan comme nouveau partenaire. Il possède d'étranges pouvoirs et un corps assez "spécial" : bardé de cicatrices, il peut dessouder des parties de son corps pour attaquer tout en gardant leur contrôle grâce à de long fils noirs suintant de ses blessures. Ainsi il peut projeter ses bras pour étrangler ses ennemis, et ceux-ci s'il les sépare de son corps sont complètement indépendants. Ces fils noirs peuvent aussi servir à "recoller" des membres tranchés, comme par exemple le bras droit de Deidara ou bien la tête de Hidan. Il possède en tout cinq cœurs qui peuvent contrôler tout ou une partie de lui, ainsi que quatre masques incrustés dans son dos, qui permettent lorsqu'ils sont contrôlés par l'un des cœurs d'utiliser un élément en particulier. Une fois retirés de son corps, ils peuvent attaquer indépendamment, chacun ayant un corps composé de filins noirs caractéristiques de Kakuzu. Chaque " masque " est relié à un élément : le Lion pour Katon, le Taureau pour Raïton, l'Aigle pour Futon, le dernier masque semblerait manipuler le Suiton, mais il a été pulvérisé par Kakashi. En ajoutant la capacité Doton que Kakuzu utilise pour durcir son corps, il semble donc avoir accès aux 5 chakras élémentaires.

Hidan appartient à la religion de Jashin (le jashinisme), un dieu qui prône la destruction totale de toute formes de vie. Tout ce qui est inférieur à la destruction est considéré comme un péché, c'est pour cette raison que Hidan déteste considérablement devoir capturer des adversaires vivants. Fervent croyant, il prie avant chaque combat à mener avec une chaîne de perle où est accroché le symbole de cette religion ( un triangle équilatéral dans un cercle ), et lorsque la bataille est terminée, il suit un rituel au cours duquel il doit rester allongé dans son symbole tracé sur le sol, une lance planté dans le corps et prier pendant de 30 minutes. Par ailleurs il déteste le côté matérialiste de son partenaire Kakuzu à propos de l'argent, auquel il n'accorde aucune importance, et déteste être interrompu dans un combat ainsi que suivre les ordres qui lui sont imposés par Pein le chef d'Akatsuki, qu'il ne respecte absolument pas, allant jusqu'à l'insulter devant les membres de l'organisation. Il est d'un tempérament assez impulsif et violent, n'hésitant pas à foncer tête baissée vers le danger quel que soit les risques, et ce, pour une raison simple : il a la particularité d'être immortel ! En effet, bien qu'il puisse recevoir des blessures, il ne peut en aucun cas en mourir, quel que soit leur gravité ( il est décapité dans son combat contre Asuma, ce qui n'empêche pourtant pas sa tête de continuer à vivre et d'insulter son adversaire ) et guérit très vite de celles-ci ( sa tête est recousue à son corps par Kakuzu ).

On ne sait presque rien de lui. Doté d'un visage évoquant celui d'un requin, il utilise principalement des techniques d'eau (jutsus Suiton). Il possède aussi une épée spéciale (appelée Peau de Requin, "Sameheda"), qui a la particularité d'absorber le chakra et de ne pas posséder de tranchant (elle est composée de centaines de dents, comme celles d'un requin, et déchiquète au lieu de couper) cette arme n'obéit qu'à son maître (concrètement si quelqu'un d'autre la manie, des dents de requin jaillisse du manche lui faisant lacher prise). Il vient du village du brouillard, qu'il a déserté pour rejoindre Akatsuki. Il fait équipe avec Itachi Uchiwa. On sait qu'il possède une quantité phénoménale de chakra, même comparé aux autres membres du groupe dont la moyenne est quand même très élevée, même Itachi reconnait être plus limité en chakra. On sait également qu'il fit équipe avec Zabuza Momochi (qu'il surnomme "le gamin"), des 7 ninjas déserteurs de Kiri no kuni qui manient le sabre et qu'avec ce groupe il tentèrent de prendre le contrôle du pays du brouillard, sans succès.

Comme pour la plupart des membres d'Akatsuki, on ne sait presque rien de Zetsu, sauf qu'il vient sans doute de Kusa no Kuni. Contrairement aux autres membres, qui se déplacent par deux, il a tendance à agir seul. Il semble avoir un rôle d'espion au sein de l'organisation, ce qui pourrait en être la raison. Son visage est moitié blanc, moitié noir, et sa tête est entourée par deux excroissances évoquant les mâchoires d'une plante carnivore. Il semble avoir deux personnalités, ou être deux personnes dans un même corps, puisqu'il s'exprime avec deux voix différentes. Autres petits détails, il est cannibale et il a l'air de disposer d'un Dôjutsu proche du Byakugan des Hyûga, qui lui permet de voir à de grandes distances.
On peut supposer qu'il a développé des jutsus Mokuton (à prendre avec considération car il semblerait nécessaire de posséder certains dons héréditaires pour maitriser cet élément) et Doton liés au monde végétal et à la terre, puisqu'il est capable de se fondre dans les arbres ou dans le sol.